Em 1501, São Félix era conhecida pelos portugueses, quando Cristovão Jaques descobriu o Rio Paraguaçu. Primitivamente conhecida como Sítio de Aporá por pertencer a uma sesmaria do mesmo nome, no século XVII passa a se chamar São Félix, em homenagem ao santo São Félix de Cantalício.

Entretanto, a cidade nasceu de uma aldeia de índios Tupinambás. Em 1534, esse aldeamento tinha cerca de 20 palhoças, com a chegada dos portugueses para explorar a terra e o comércio de madeira, escravizar os índios, forçá-los ao trabalho de plantação de cana-de-açúcar, da montagem de engenhos de açúcar e alambiques. No entanto, a lavoura só prosperou a partir de 1615, com a chegada de escravos negros vindos da África.

Em 1624, São Félix já era povoada pelos Jesuítas, que fundaram um Colégio, um Convento e uma Santa Casa de Misericórdia onde atendiam aos doentes.

Ainda no século XV, os holandeses invadiram a vila, cometendo os maiores crimes, saqueando lares e templos. A Igreja de São Pedro Velho e a Casa de Misericórdia, no alto de São Félix, foram destroçadas e reoubadas em todas as suas alfaias.
Em 1822, São Félix prestou relevantes serviços lutando ao lado de Cachoeira, nas batalhas pela Independência da Bahia banhando o solo com sague sanfelixta em defesa do Brasil.

São Félix, como todo o Vale do Paraguaçu pertencia à freguesia de Nossa Senhora do Rosário do Porto da Cachoeira, criada no fim do século XVII, somente no século XIX, a área atual do município de São Félix passou a integrar outra jurisdição, fazendo então parte da freguesia de Nossa Senhora do Desterro de Outeiro Redondo, por força da Lei Provincial de 1º de Junho de 1830.

Em 17 de Fevereiro de 1832, teve início a primeira revolução Federalista do Brasil, chefiada pelo Juiz de Paz, Bernardo Guanaes Mineiro em São Félix, à frente de numerosos patriotas, reuniram-se na Praça do Progresso, hoje Praça Inácio Tosta, no dia 19 de mesmo ano, atravessaram o Rio Paraguaçu, tomaram de assalto o Convento do Carmo, estabelecendo-se em Cachoeira, reuniu-se a Câmara Municipal daquela Vila e proclamou a Federação da Província da Bahia.

São Félix, já era um povoado próspero, com casas sobradadas e comércio desenvolvido, com recursos para se manter, em 15 de Dezembro de 1857, por ato assinado pelo Presidente da Província João Lins Vieira Cansanção de Sinibú, criava-se a Freguesia de Senhor Deus Menino e São Félix.

Em 1860, por Resolução da Câmara de Cachoeira, foram iniciados os primeiros calçamentos das vias públicas. São Félix vivia tempos de grande desenvolvimento, a condição de último ponto navegável do Rio Paraguaçu, facilitava a circulação de mercadorias e viabilizava o trânsito para as regiões de exploração das lavras de diamantes e da lavoura de algodão do sudoeste da província.

No ano de 1889, os conspiradores sanfelixtas que que sonhavam com a liberdade de um povo sem aotonomia há 389 anos, decidiram que São Félix seria libertado do jugo da Cachoeira, conseguiram que o grande industrial Geraldo Dannemann fosse ao Governador do Estado da Bahia, o Dr. Manoel Vitorino Pereira, unicamente para convidá-lo a visitar São Félix. No dia 20 de Dezembro de 1889, o ideal emancipacionista se concretiza. O Governador do Estado da Bahia, Dr. Manoel Vitorino Pereira, elevou à categoria de Vila a freguesia de São Félix.
No dia 13 de Janeiro de 1890, foi criada a Câmara Municipal. Em 1º de Fevereiro do mesmo ano foi instalada a Vila de São Félix tendo como seu 1º Intendente o Sr. Geraldo Dannemann.

A Vila cresceu acompanhando seu comércio que era próspero, com várias indústrias, graças ao desenvolvimento alcançado, em 25 de Outubro de 1890, o Governador Governador do Estado da Bahia, Dr. Virgílio Clímaco Damásio, elevou a Vila à categoria de Cidade, denominando-a São Félix do Paraguaçu.

O município de São Félix está localizado na região do Recôncavo, na margem direita do Rio Paraguaçu, próximo à baia do Iguape, o Rio Paraguaçu nasce na Chapada Diamantina e possui uma grande bacia hidrográfica com importante região econômica do Estado da Bahia, até a sua foz na baía de Todos os Santos, desaguando um pouco antes na baía do Iguape ao sul do município de São Félix.